分别在不同的银行发工资，两家公司总额6500元，

会扣税。工资扣税依据应税额计算，与税率相乘得税额。依据《个人所得税法》，应税额为工资总额减扣除后的金额。若两家公司工资总和6500元，超过起征点则需扣税。不及时扣税可能面临税务违规风险。
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常见处理方式为申报个税时合并计税。根据《个人所得税法》规定，应从两处以上取得工资，选择并固定到一地税务机关申报纳税。具体操作需咨询专业税务人员或机构以确保合规。
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两份工作扣税处理：1.合并计税：将两处工资合并，按总额计算应税额并扣税。2.分别计税：若两家公司分别扣税，需关注是否超起征点。3.咨询税务机构：对于复杂情况，建议咨询专业税务人员以确保正确扣税。